1948年，中央研究院通過(guò)嚴(yán)格的選舉，產(chǎn)生了我國(guó)現(xiàn)代第一批院士81人，其中數(shù)理組28人，生物組25人，人文組28人。1949年，中研院的總辦事處和歷史語(yǔ)言所等遷往臺(tái)灣，其余多數(shù)研究所留在了祖國(guó)大陸。當(dāng)時(shí)，滯留海外的院士有12位，遷臺(tái)的9位，1位已故，留在大陸的院士有59位。到1955年6月，這59人中，有46人被聘為中科院學(xué)部委員，2人已故，11人落聘。

院士是很高的學(xué)術(shù)榮譽(yù)，學(xué)部委員主要是一種工作職稱，兩者性質(zhì)不同，但都要求有較高的學(xué)術(shù)成就或突出的學(xué)術(shù)領(lǐng)導(dǎo)成績(jī)，這是一致的。不過(guò)學(xué)部委員擔(dān)負(fù)著中科院和全國(guó)科學(xué)的學(xué)術(shù)領(lǐng)導(dǎo)職責(zé)，出于工作方面考慮，要求“忠于人民事業(yè)”，這是一條政治標(biāo)準(zhǔn)。在選聘學(xué)部委員時(shí)，如何對(duì)待留在大陸的原中研院首屆院士，中科院黨組曾就此進(jìn)行專門的研究。分管中科院工作的陳毅副總理指出：“盡管解放后我們?cè)谑聦?shí)上已把‘院士’廢除了，……其中大部分人是好的，要很好地團(tuán)結(jié)他們。”郭沫若院長(zhǎng)甚至提出，要把以前的院士全部包下來(lái)，即一律保留。在實(shí)際操作過(guò)程中，種種復(fù)雜的因素圍繞著這一標(biāo)準(zhǔn)浮現(xiàn)出來(lái)，但落聘的11人各有具體緣由。

原數(shù)理組落聘的有姜立夫和翁文灝2位。姜立夫是數(shù)學(xué)界的元老，但他發(fā)表的成果很少，獲得數(shù)學(xué)界的推薦不多，一開始未被列入學(xué)部委員名單。后來(lái)一度考慮把他補(bǔ)入，但遭到華羅庚反對(duì)。竺可楨日記記載：“聞華羅庚竭力反對(duì)姜之加入，動(dòng)機(jī)尚是陳省身為姜之學(xué)生，而姜把數(shù)學(xué)所書籍移臺(tái)灣實(shí)是極大損失。”華羅庚提的是政治問(wèn)題，竺可楨等推測(cè)其動(dòng)機(jī)是個(gè)人恩怨。此外，科學(xué)界的元老不少，如果姜列入，則化學(xué)界元老張子高等人也要考慮，最終理數(shù)化學(xué)部決定他們都不列入。著名地質(zhì)學(xué)家翁文灝曾經(jīng)擔(dān)任國(guó)民黨政府的行政院長(zhǎng)，名列1948年底公布的43名頭等戰(zhàn)犯之中，1951年返回大陸后已脫離科學(xué)界，加之考慮他與地質(zhì)界領(lǐng)導(dǎo)李四光有矛盾，因此在請(qǐng)示中央后決定不聘。

原生物組有胡先骕、吳定良、李宗恩3人落聘。胡先骕雖不在最初的推薦名單之列，但到1954年11月中國(guó)科學(xué)院黨組第一次向中宣部提出學(xué)部委員名單時(shí)已被補(bǔ)入。后來(lái)幾經(jīng)審查，一直到1955年5月9日，在院黨組審定的名單中，都還有他的名字，被列入“學(xué)術(shù)水平較高，政治上雖有某些可疑情節(jié)，但無(wú)適當(dāng)理由向科學(xué)家進(jìn)行公開解釋或因國(guó)家建設(shè)的需要……不能不用者”之中。但僅僅三天之后，5月12日，在院黨組最后審議時(shí)胡先骕因“歷史上有重大惡跡，為科學(xué)界所不滿”而遭淘汰。這一戲劇性的變化究竟原因何在，尚待進(jìn)一步研究。

吳定良是著名的人類學(xué)家，但他的專業(yè)體質(zhì)人類學(xué)不在中科院學(xué)部的學(xué)科分類之列，在研究中研院院士問(wèn)題時(shí)他被列入“情況不清”者，可能不是有意排除他。

李宗恩從1947年起擔(dān)任北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院院長(zhǎng)。建國(guó)初期，由于中美交惡，協(xié)和與燕京大學(xué)等校成了“崇美”“親美”的反面典型，他的處境已屬困難。衛(wèi)生部和軍委衛(wèi)生部黨組都希望中科院盡量減少學(xué)部委員中的協(xié)和教授。當(dāng)時(shí)醫(yī)學(xué)組推薦得票最高的協(xié)和教授張孝騫因政治上的可疑點(diǎn)一開始也沒(méi)有列入名單，李宗恩（推薦票數(shù)列第五）當(dāng)然更難入選。后來(lái)張孝騫通過(guò)了政治審查得以列入，而另一位協(xié)和教授謝少文則是國(guó)務(wù)院最后審查時(shí)被拿下的兩人之一。

原人文組有6位院士落聘。其中，陳達(dá)、周鯁生、錢端升3位由于他們所從事的社會(huì)學(xué)、法學(xué)被定性為資產(chǎn)階級(jí)學(xué)科而被淘汰或暫時(shí)不予考慮而落聘；史學(xué)家顧頡剛由于其歷史問(wèn)題而被排除在外；張?jiān)獫?jì)、柳詒徵則由于年老病弱無(wú)法履行學(xué)部委員的職責(zé)而沒(méi)能入選。而金岳霖、馮友蘭、陶孟和、馬寅初等因“照顧舊的科學(xué)傳統(tǒng)”而保留。陳寅恪申明不信仰馬克思主義，經(jīng)毛澤東指示“要選上”而保留。哲學(xué)社會(huì)科學(xué)部在正常的學(xué)術(shù)標(biāo)準(zhǔn)之外，還有一條是“以馬列主義解決問(wèn)題”，以此為準(zhǔn)繩，則陳達(dá)、馮友蘭、金岳霖、馬寅初等人屬于“學(xué)術(shù)上沒(méi)有成就的人”。秉持這種觀念，他們落聘為理所當(dāng)然，入選則屬于照顧。這種選擇對(duì)中國(guó)社會(huì)科學(xué)的發(fā)展造成了嚴(yán)重的后果。

此外湯佩松、俞大紱、謝家榮等原中研院院士入選學(xué)部委員也是很曲折的。湯學(xué)術(shù)成就雖高，但推薦得票不高，故最初并沒(méi)有列入，后被補(bǔ)入。俞大紱被懷疑與臺(tái)灣有聯(lián)系，后來(lái)這個(gè)疑點(diǎn)被排除才被列入。謝家榮因與翁文灝、宋子文關(guān)系密切，屬于政治上有問(wèn)題的人，但他擔(dān)任地質(zhì)部總工程師，有重大貢獻(xiàn)，在地質(zhì)界享有很高威望，推薦得票很高而被保留。

對(duì)于政治標(biāo)準(zhǔn)的掌握，1954年1月，中共中央在批轉(zhuǎn)中科院黨組報(bào)告時(shí)指出：“團(tuán)結(jié)科學(xué)家是黨在科學(xué)工作中的重要政策。科學(xué)家是國(guó)家和社會(huì)的寶貴財(cái)富，必須重視和尊敬他們，必須爭(zhēng)取和團(tuán)結(jié)一切科學(xué)家為人民服務(wù)。對(duì)于少數(shù)歷史上有過(guò)反革命活動(dòng)的科學(xué)家，也應(yīng)當(dāng)爭(zhēng)取并適當(dāng)?shù)丶右允褂茫瑢?duì)于個(gè)別潛藏的現(xiàn)行反革命犯則必須提高警惕。……不能像要求一般政治工作干部一樣要求科學(xué)家，更不應(yīng)因此而鄙棄和歧視他們。”這是絕大多數(shù)科學(xué)家通過(guò)政治審查的根本原因，也是建國(guó)初期黨在知識(shí)分子政策上的一項(xiàng)重要政策經(jīng)驗(yàn)。

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