10月26日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在線發(fā)表中國(guó)科學(xué)院微生物研究所微生物資源與大數(shù)據(jù)中心、世界微生物數(shù)據(jù)中心馬俊才團(tuán)隊(duì)題為gcMeta: a Global Catalogueof Metagenomics platform to support the archiving, standardization and analysisof microbiome data的研究論文。gcMeta平臺(tái)是一個(gè)微生物基因組及微生物組數(shù)據(jù)的管理、分析和發(fā)布平臺(tái)，為國(guó)內(nèi)外用戶提供一站式的從數(shù)據(jù)存儲(chǔ)、數(shù)據(jù)分析到數(shù)據(jù)發(fā)布的服務(wù)，目前已經(jīng)整合了來(lái)自中科院微生物組計(jì)劃及國(guó)內(nèi)外多個(gè)重要項(xiàng)目的數(shù)據(jù)。該平臺(tái)的發(fā)布將有效支撐我國(guó)微生物組研究并為未來(lái)我國(guó)國(guó)家微生物組計(jì)劃的實(shí)施提供重要的支持。
近年來(lái)，美國(guó)、歐盟都陸續(xù)啟動(dòng)了微生物組相關(guān)的研究項(xiàng)目。但微生物組大數(shù)據(jù)的收集、存儲(chǔ)、功能挖掘和開發(fā)利用一直是制約微生物組發(fā)展的核心問題。我國(guó)目前在微生物組數(shù)據(jù)管理中存在著標(biāo)準(zhǔn)不統(tǒng)一、缺乏跨領(lǐng)域的數(shù)據(jù)整合、高質(zhì)量的參考數(shù)據(jù)庫(kù)和數(shù)據(jù)的深度挖掘技術(shù)等問題。2017年，中科院?jiǎn)?dòng)了“中國(guó)微生物組計(jì)劃”項(xiàng)目，項(xiàng)目旨在進(jìn)一步強(qiáng)化中科院在微生物組研究和開發(fā)利用等方面的共性技術(shù)和平臺(tái)優(yōu)勢(shì)，聚焦“人體健康和環(huán)境”微生物組，開發(fā)相應(yīng)的微生物組學(xué)新方法、新技術(shù)；通過研究其結(jié)構(gòu)與功能、群體間的競(jìng)爭(zhēng)與合作，微生物組與人體等宿主和環(huán)境相互作用及與宿主的寄生共生健康發(fā)育等關(guān)系，發(fā)現(xiàn)微生物與人類和環(huán)境共同演化的科學(xué)規(guī)律。同時(shí)，也將在微生物組數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化的基礎(chǔ)上，建立微生物組大數(shù)據(jù)計(jì)算、存儲(chǔ)和共享平臺(tái)，開發(fā)微生物組大數(shù)據(jù)挖掘的新方法，實(shí)現(xiàn)我國(guó)微生物組數(shù)據(jù)資源的系統(tǒng)管理和高效利用。
gcMeta建立了一個(gè)微生物基因組、元基因組和轉(zhuǎn)錄組管理、數(shù)據(jù)在線分析、可視化及數(shù)據(jù)發(fā)布的一站式系統(tǒng)。目前已經(jīng)整合來(lái)自國(guó)際相關(guān)平臺(tái)（NCBI、EBI、MG-RAST等）及重要項(xiàng)目（HMP、Tara等）超過12萬(wàn)樣本數(shù)據(jù)，來(lái)自我國(guó)科學(xué)家的超過2000余個(gè)樣本數(shù)據(jù)，總數(shù)據(jù)量超過120TB。平臺(tái)為用戶提供了多級(jí)的數(shù)據(jù)管理和權(quán)限控制體系，可用于各研究組管理未發(fā)表數(shù)據(jù)，并在研究組內(nèi)共享，也可以將內(nèi)部管理數(shù)據(jù)進(jìn)行在線發(fā)布與公開。平臺(tái)為所有公開數(shù)據(jù)提供基于Persistent Identifier (PID) (http://www.pidconsortium.eu/)系統(tǒng)的唯一PID號(hào)，用于在學(xué)術(shù)期刊的公開發(fā)表及后續(xù)數(shù)據(jù)引用及分析。此外，平臺(tái)還整合了超過90個(gè)在線數(shù)據(jù)分析工具，提供針對(duì)擴(kuò)增子序列、全基因組序列等4套分析工作流，所有的分析工具和工作流都是以web方式使用，方便微生物領(lǐng)域用戶快速掌握及使用。用戶可以通過該平臺(tái)方便地實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)管理、數(shù)據(jù)分析、結(jié)果展示和數(shù)據(jù)發(fā)布等一系列服務(wù)，平臺(tái)也將為用戶提供全過程的使用支持，歡迎國(guó)內(nèi)外用戶使用該平臺(tái)。
微生物資源與大數(shù)據(jù)中心史文聿、亓合媛為論文共同第一作者，微生物資源與大數(shù)據(jù)中心及世界微生物數(shù)據(jù)中心馬俊才及吳林寰為論文共同通訊作者。該研究得到中科院重點(diǎn)部署項(xiàng)目“人體與環(huán)境健康的微生物組共性技術(shù)研究”、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃“益生菌健康功能與基于腸道微生物組學(xué)的食品營(yíng)養(yǎng)代謝機(jī)理研究”、中科院A類先導(dǎo)專項(xiàng)“地球大數(shù)據(jù)”、中科院信息化專項(xiàng)微生物領(lǐng)域云項(xiàng)目等的支持。
圖1：用戶數(shù)據(jù)管理、數(shù)據(jù)分析及數(shù)據(jù)發(fā)布流程
圖2：gcMeta數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)及主頁(yè)
圖3：gcMeta數(shù)據(jù)分析及可視化系統(tǒng)
中國(guó)-博士人才網(wǎng)發(fā)布
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